С 16 октября в тяжёлом состоянии находился в отделении реанимации Центральной клинической больницы. Всё это время был подключён к аппарату искусственного дыхания в состоянии «лекарственного и медикаментозного сна». Для лечения необходимо было принимать повышающие иммунитет препараты, что противопоказано при пересаженных органах из-за многократно повышающегося риска отторжения донорского органа. Спустя 10 дней, 26 октября 2003 года, умер на 57-м году жизни.
В 60-е годы Филатов в соавторстве с Владимиром Качаном писал песни. По прошествии 30 лет была выпущена пластинка «Оранжевый кот».
Первую сказку «Про Федота-стрельца, удалого молодца» написал в 1985 г. Спустя пару лет сказку опубликовали в издании «Юность». В 2008 г. по мотивам «Федота-стрельца» был снят мультфильм. Озвучивали: Чулпан Хаматова, Александр Ревва, Сергей Безруков и Виктор Сухоруков.
В дальнейшем были изданы его книги«Большая любовь Робина Гуда», «Любовь к трём апельсинам», «Лисистрата», «Театр Леонида Филатова», «Я — человек театральный», «Сукины дети».
Является автором пьес «Пёстрые люди», «Часы с кукушкой», «Художник из Шервудского леса», «Дилижанс», «Ещё раз о голом короле» и автором песен к спектаклям «Театр Клары Газуль», «Мартин Иден», «Когда-то в Калифорнии», «Геркулес и Авгиевы конюшни». Вместе с другими актёрами был соавтором спектакля «Под кожей статуи Свободы».