Доктор филологических наук (2000), тема диссертации: «Всемирная история в литературе Древней Руси (на материале хронографического и палейного повествования XI—XV вв.)». Член редколлегии журнала «Русская литература». Главный редактор альманаха «Текст и традиция», издающегося Пушкинским Домом совместно с Музеем-усадьбой «Ясная Поляна».
В 2015 году написал текст «Тотального диктанта». В июне 2017 года избран почётным доктором Бухарестского университета. С 2017 года является колумнистом «Известий».
По версии газеты Guardian, роман «Лавр» вошёл в топ-10 лучших книг мировой литературы о Боге.
В рейтинге лучших русских писателей, опубликованном изданием Russia Beyond the Headlines, занял 25-е место (самое высокое среди ныне живущих авторов).
В 2016 году религиозный мыслитель, 104-й архиепископ Кентерберийский Роуэн Вильямс посвятил роману Водолазкина «Лавр» выступление: «A Curious Novel: Postmodernism and Holy Madness»
По версии газеты Metropolis, роман Водолазкина «Авиатор» возглавил топ-10 книг, изданных в Румынии в 2017 году. В 2019 году роман «Лавр» стал Книгой года в Словакии.
В 2018 году в Ягеллонском университете прошла Международная научная конференция «Знаковые имена современной русской литературы: Евгений Водолазкин» (Краков, 17-19 мая 2018 года), в которой принял участие 91 исследователь из 19 стран мира.
20 ноября 2018 года включён в состав Совета при Президенте по культуре и искусству.
В 2019 году стал членом Общественного совета при Комитете по культуре Государственной Думы России.