Летом 1990 года пытался эмигрировать на Запад, но вскоре изменил решение.
В 1990 году организовал в Кемерово независимый театр «Ложа», в котором за 7 лет было поставлено 10 спектаклей.
В 1998 году переехал в Калининград. Тогда же представил в Москве на зрительский суд свой первый моноспектакль «Как я съел собаку», за который в 2000 году был удостоен национальной театральной премии «Золотая маска» в номинациях «Новация» и «Приз критиков».
С января 2006 по март 2007 года Гришковец вёл на телевидении свою авторскую передачу — «Настроение с Евгением Гришковцом» на телеканале СТС. В рамках своей передачи за 2 минуты он читал по одному монологу на разные темы.
В мае 2018 вошел в шорт-лист литературной премии «Большая книга» с романом «Театр отчаяния. Отчаянный театр».
За моноспектакль «Как я съел собаку» бывшему матросу Евгению Гришковцу было присвоено воинское звание «старшина 2 статьи» с формулировкой «за пропаганду российского флота».